Bayern Münih takımı Almanya’nın Bavyera eyaletinde, FC Bayern München adıyla MTV 1879 isimli jimnastik kulübü üyeleri tarafından kurulmuştur. 1900 yılında federasyonun itirazı üzerine on bir jimnastikçi üyenin MTV’den ayrılması üzerine Fussball-Club Bayern München kurulur. 1910-11 sezonunda kurulan Bavyera ligi Kreisliga’ya katılmış ve ilk sezonu şampiyon olarak bitirmişlerdir. Bu başarıyı 1914 yılında yeniden elde ederler ancak savaş nedeniyle ülkede futbola bir süre ara verilmek zorunda kalmıştır. Bayern Münih savaştan sonra Alman güney ligi olarak bilinen Oberliga Süd'de oynamaya başlamıştır. 1955’te küme düşmüş ve bir sonraki sezon Oberliga'ya tekrar dönmüştür. 1963 yılında Oberliga’lar birleştirilip, Bundesliga oluşturulmuş ve beş takımın Bundesliga'ya dahil edilmesi kararlaştırıldı. Bayern Münih de ligi üçüncü bitirerek bu beş takım arasına girmiştir.
Fakat Futbol Federasyonu ligin ilk sezonunda aynı şehirden iki takım olmasını istememiş ve Bayern yerine o sezon grubu birinci bitiren 1860 München'i Bundesliga'ya dahil etmiştir. Takım sonrasında Beckenbauer, Gerd Müller ve Sepp Maier gibi yetenekler sayesinde Bundesliga’ya geri dönmüştür. İlk sezonunda ligi üçüncü olarak tamamlamış ve Kupa Galipleri kupasını kazanmıştır. 1969 yılında Almanya tarihinin ilk dublesini yapıp hem ligi hem de kupayı kazanarak büyük bir başarı kazanmıştır. Takım Bundesliga tarihinde otuz iki defa şampiyon olup kırılması zor olan rekorlara imza atmıştır. Ayrıca altı defa Şampiyonlar Ligi şampiyonu, bir UEFA Kupası şampiyonu, bir kere de Kupa Galipleri kupasını kazanmıştır. 852 milyon Euro piyasa değeri ve 634 milyon Euro yıllık gelire sahiptir.
