Emin Alper 1974 yılında Ermenek'te dünyaya geldi. Başarılı öğrencilik yılları geçiren Alper, liseyi Ankara Fen Lisesi’nde bitirip Boğaziçi Üniversitesi İnşaat Mühendisliği bölümüne girdi. Fakat bu bölümde kendini mutlu hissetmediği için iki yıl sonra tekrar sınava girip aynı üniversitenin iktisat bölümünü kazandı. Boğaziçi Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü’nde Modern Türkiye Tarihi üzerine doktorasını alarak akademisyen ünvanına sahip oldu. Genç yaşlarda izlediği bir Kusturica filmi olan Çingeneler Zamanı onu derinden etkiledi. Emin Alper'in sinema ile tanışması ve içindeki sinema potansiyelinin çıkmasında bu filmin çok önemli payı olduğu biliniyor.
Üniversite yıllarında senaryo denemeleri yapan Alper, o dönem üniversitenin sinema kulübüne üye oldu ve senaryolar yazmaya başladı. Aynı esnada arkadaşları ile "Görüntü" dergisini çıkardı ve ünlü pek çok yönetmen ile (Zeki Demirkubuz, Nuri Bilge Ceylan gibi) söyleşiler yaptı. Ünlü yönetmenlerden bir hayli etkilenen Emin Alper, Genç Sinemacılar programına kabul edilmiş olan Mektup (2005) adlı ilk kısa filmini çekti. Başarılı eleştiriler aldıktan bir yıl sonra ikinci kısa filmi olan Rıfat'ı çekti.
Yaptığı araştırma ve çalışmalarının ardından senaryosunu ve kurgusunu planladığı ilk uzun metrajlı filmi olan "Tepenin Ardı" (2012) filmi sayesinde Türk sinemasında tanınmaya başladı. Ardından, Abluka (2015) filmi ise ilk gösterimini 72. Venedik Film Festivali’nde gerçekleştirdi. Tepenin Ardı filmi ile Berlin Film Festivali'nde Caligari Film Ödülü ve 31. İstanbul Film Festivali'nde En İyi Film ödülü de dahil olmak üzere ulusal ve uluslararası alanda 16 ödül aldı. Abluka filmi ile 72. Venedik Film Festivali'nde ana yarışma ödüllerinden bir tanesi olan Jüri Özel Ödülü'ne layık görüldü. Ayrıca, 2016 yılında Sinema Yazarları Derneği tarafından düzenlenen yarışmada Abluka filmiyle En iyi Yönetmen Ödülü’nün sahibi oldu.
